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### - a -

- AA_ALA : residue.h
- AA_ARG : residue.h
- AA_ASN : residue.h
- AA_ASP : residue.h
- AA_CYS : residue.h
- AA_GLN : residue.h
- AA_GLU : residue.h
- AA_GLY : residue.h
- AA_HIS : residue.h
- AA_ILE : residue.h
- AA_LEU : residue.h
- AA_LYS : residue.h
- AA_MET : residue.h
- AA_PHE : residue.h
- AA_PRO : residue.h
- AA_SER : residue.h
- AA_THR : residue.h
- AA_TRP : residue.h
- AA_TYR : residue.h
- AA_VAL : residue.h
- AE_ANDHI : parsmart.cpp
- AE_ANDLO : parsmart.cpp
- AE_LEAF : parsmart.cpp
- AE_NOT : parsmart.cpp
- AE_OR : parsmart.cpp
- AE_RECUR : parsmart.cpp
- AI_C : chains.cpp
- AI_C1 : chains.cpp
- AI_C2 : chains.cpp
- AI_C3 : chains.cpp
- AI_C4 : chains.cpp
- AI_C5 : chains.cpp
- AI_CA : chains.cpp
- AI_N : chains.cpp
- AI_O : chains.cpp
- AI_O1P : chains.cpp
- AI_O2 : chains.cpp
- AI_O2P : chains.cpp
- AI_O3 : chains.cpp
- AI_O4 : chains.cpp
- AI_O5 : chains.cpp
- AI_OXT : chains.cpp
- AI_P : chains.cpp
- AL_ANTICLOCKWISE : parsmart.cpp
- AL_AROM : parsmart.cpp
- AL_CHIRAL : parsmart.cpp
- AL_CLOCKWISE : parsmart.cpp
- AL_CONNECT : parsmart.cpp
- AL_CONST : parsmart.cpp
- AL_DEGREE : parsmart.cpp
- AL_ELEM : parsmart.cpp
- AL_HCOUNT : parsmart.cpp
- AL_HYB : parsmart.cpp
- AL_IMPLICIT : parsmart.cpp
- AL_MASS : parsmart.cpp
- AL_NEGATIVE : parsmart.cpp
- AL_POSITIVE : parsmart.cpp
- AL_RINGCONNECT : parsmart.cpp
- AL_RINGS : parsmart.cpp
- AL_SIZE : parsmart.cpp
- AL_UNSPECIFIED : parsmart.cpp
- AL_VALENCE : parsmart.cpp
- ALL_READS_BINARY : obconversion.cpp
- AMINOMAX : chains.cpp
- ANY_ATOM : mcdlutil.cpp
- ANY_BOND : mcdlutil.cpp
- ApproxZero : obutil.cpp
- ATOMEXPRPOOL : parsmart.cpp
- ATOMMAX : chains.cpp
- ATOMMINAMINO : chains.cpp
- ATOMMINNUCLEIC : chains.cpp
- ATOMPOOL : parsmart.cpp

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