# Test motiph
&test(
  'motiph1',
  '',
  'motiph', '',
  [
    '--seed', 0, 
    '--bg', 2.0, 
    '--pseudocount', 0.01, 
    '--oc', 'results/motiph1', 
    'motiph/spiked.aln', 
    'motiph/yeast.tree', 
    'motiph/MCM1.meme.html'
  ],
  [
    {
        output => 'results/motiph1/motiph.txt', 
        reference => make_test_src_path('motiph/motiph.gff'), 
        type => 'text'
    }
  ],
  'results/motiph1'
);

# Test motiph with --motif option
&test(
  'motiph2', 
  '',
  'motiph', 
  '',
  [
    '--seed', 0, 
    '--bg', 2.0, 
    '--pseudocount', 0.01, 
    '--oc', 'results/motiph2',
    '--output-pthresh', 1.0, 
    '--motif', 'CGGYGGGG',  
    '--motif', 'GCATCRGRBSAGA', 
    'motiph/spiked.aln', 
    'motiph/yeast.tree', 
    'common/crp0.meme.html'
  ],
  [
    {
        output => 'results/motiph2/motiph.txt', 
        reference => make_test_src_path('motiph/motiph-motif23.gff'), 
        type => 'text'
    }
  ],
  'results/motiph2'
);
