<?xml version="1.0" encoding="utf-8"?>
<!DOCTYPE TS>
<TS version="2.1" language="ru_RU">
<context>
    <name>BuildSuffixArraySettings</name>
    <message>
        <location filename="../src/BuildSuffixArraySettings.ui" line="29"/>
        <source>Reference fragmentation</source>
        <translation>Разбиение референса</translation>
    </message>
    <message>
        <location filename="../src/BuildSuffixArraySettings.ui" line="43"/>
        <source>&lt;!DOCTYPE HTML PUBLIC &quot;-//W3C//DTD HTML 4.0//EN&quot; &quot;http://www.w3.org/TR/REC-html40/strict.dtd&quot;&gt;
&lt;html&gt;&lt;head&gt;&lt;meta name=&quot;qrichtext&quot; content=&quot;1&quot; /&gt;&lt;style type=&quot;text/css&quot;&gt;
p, li { white-space: pre-wrap; }
&lt;/style&gt;&lt;/head&gt;&lt;body style=&quot; font-family:&apos;MS Shell Dlg 2&apos;; font-size:8.25pt; font-weight:400; font-style:normal;&quot;&gt;
&lt;p style=&quot; margin-top:0px; margin-bottom:0px; margin-left:0px; margin-right:0px; -qt-block-indent:0; text-indent:0px;&quot;&gt;&lt;span style=&quot; font-size:8pt;&quot;&gt;This parameter influences the number of parts the
             reference will be divided. It is better to make it bigger, but it influences the
             amount of memory used during the alignment.&lt;/span&gt;&lt;/p&gt;&lt;/body&gt;&lt;/html&gt;</source>
        <translation>&lt;!DOCTYPE HTML PUBLIC &quot;-//W3C//DTD HTML 4.0//EN&quot; &quot;http://www.w3.org/TR/REC-html40/strict.dtd&quot;&gt;
&lt;html&gt;&lt;head&gt;&lt;meta name=&quot;qrichtext&quot; content=&quot;1&quot; /&gt;&lt;style type=&quot;text/css&quot;&gt;
p, li { white-space: pre-wrap; }
&lt;/style&gt;&lt;/head&gt;&lt;body style=&quot; font-family:&apos;MS Shell Dlg 2&apos;; font-size:8.25pt; font-weight:400; font-style:normal;&quot;&gt;
&lt;p style=&quot; margin-top:0px; margin-bottom:0px; margin-left:0px; margin-right:0px; -qt-block-indent:0; text-indent:0px;&quot;&gt;&lt;span style=&quot; font-size:8pt;&quot;&gt;Этот параметр влияет на количество частей
             на которое будет разделен референс. Лучше, когда их больше, но это существенно влияет на
             количество памяти, используемое для выравнивания.&lt;/span&gt;&lt;/p&gt;&lt;/body&gt;&lt;/html&gt;</translation>
    </message>
    <message>
        <location filename="../src/BuildSuffixArraySettings.ui" line="92"/>
        <source>Resources</source>
        <translation>Источники</translation>
    </message>
    <message>
        <location filename="../src/BuildSuffixArraySettings.ui" line="109"/>
        <source>Total memory usage:</source>
        <translation>Использование памяти:</translation>
    </message>
    <message>
        <location filename="../src/BuildSuffixArraySettings.ui" line="145"/>
        <source>System memory size:</source>
        <translation>Доступно памяти:</translation>
    </message>
</context>
<context>
    <name>GenomeAlignerSettings</name>
    <message>
        <location filename="../src/GenomeAlignerSettings.ui" line="14"/>
        <source>Form</source>
        <translation>Форма</translation>
    </message>
    <message>
        <location filename="../src/GenomeAlignerSettings.ui" line="36"/>
        <source>Chech this box if mismatches between the reference sequence and the reads are allowed.</source>
        <translation>Отметьте этот чекбокс если допускается несоответствие с референсной последовательностью.</translation>
    </message>
    <message>
        <location filename="../src/GenomeAlignerSettings.ui" line="39"/>
        <source>Mismatches allowed</source>
        <translation>Допустимо несоответствий</translation>
    </message>
    <message>
        <location filename="../src/GenomeAlignerSettings.ui" line="53"/>
        <location filename="../src/GenomeAlignerSettings.ui" line="79"/>
        <source>Select the number of mismatched nucleotides allowed.</source>
        <translation>Задайте допустимое число несоответствий.</translation>
    </message>
    <message>
        <location filename="../src/GenomeAlignerSettings.ui" line="92"/>
        <location filename="../src/GenomeAlignerSettings.ui" line="118"/>
        <source>Select the percentage of mismatches allowed. Note, that absolute number of mismatches can vary for different reads.</source>
        <translation>Задайте допустимое число несоответствий в процентах.</translation>
    </message>
    <message>
        <location filename="../src/GenomeAlignerSettings.ui" line="56"/>
        <source>Mismatches number</source>
        <translation>Число несоответствий</translation>
    </message>
    <message>
        <location filename="../src/GenomeAlignerSettings.ui" line="30"/>
        <source>Common parameters</source>
        <translation>Общие параметры</translation>
    </message>
    <message>
        <location filename="../src/GenomeAlignerSettings.ui" line="95"/>
        <source>Percentage of mismatches</source>
        <translation>Доля несоответствий</translation>
    </message>
    <message>
        <location filename="../src/GenomeAlignerSettings.ui" line="148"/>
        <source>Set short reads aligning options.</source>
        <translation>Установите настройки выравнивания.</translation>
    </message>
    <message>
        <location filename="../src/GenomeAlignerSettings.ui" line="171"/>
        <source>Use both the read and its reverse complement during aligning.</source>
        <translation>Использовать риды и обратно-комплементарные риды в процессе выравнивания.</translation>
    </message>
    <message>
        <location filename="../src/GenomeAlignerSettings.ui" line="174"/>
        <source>Align reverse complement reads</source>
        <translation>Выровнять обратно-комплементарные риды</translation>
    </message>
    <message>
        <location filename="../src/GenomeAlignerSettings.ui" line="184"/>
        <source>&lt;!DOCTYPE HTML PUBLIC &quot;-//W3C//DTD HTML 4.0//EN&quot; &quot;http://www.w3.org/TR/REC-html40/strict.dtd&quot;&gt;
&lt;html&gt;&lt;head&gt;&lt;meta name=&quot;qrichtext&quot; content=&quot;1&quot; /&gt;&lt;style type=&quot;text/css&quot;&gt;
p, li { white-space: pre-wrap; }
&lt;/style&gt;&lt;/head&gt;&lt;body style=&quot; font-family:&apos;MS Shell Dlg 2&apos;; font-size:8.25pt; font-weight:400; font-style:normal;&quot;&gt;
&lt;p style=&quot; margin-top:0px; margin-bottom:0px; margin-left:0px; margin-right:0px; -qt-block-indent:0; text-indent:0px;&quot;&gt;&lt;span style=&quot; font-size:8pt;&quot;&gt;Report only about best alignments (in terms of mismatches).&lt;/span&gt;&lt;/p&gt;&lt;/body&gt;&lt;/html&gt;</source>
        <translation>&lt;!DOCTYPE HTML PUBLIC &quot;-//W3C//DTD HTML 4.0//EN&quot; &quot;http://www.w3.org/TR/REC-html40/strict.dtd&quot;&gt;
&lt;html&gt;&lt;head&gt;&lt;meta name=&quot;qrichtext&quot; content=&quot;1&quot; /&gt;&lt;style type=&quot;text/css&quot;&gt;
p, li { white-space: pre-wrap; }
&lt;/style&gt;&lt;/head&gt;&lt;body style=&quot; font-family:&apos;MS Shell Dlg 2&apos;; font-size:8.25pt; font-weight:400; font-style:normal;&quot;&gt;
&lt;p style=&quot; margin-top:0px; margin-bottom:0px; margin-left:0px; margin-right:0px; -qt-block-indent:0; text-indent:0px;&quot;&gt;&lt;span style=&quot; font-size:8pt;&quot;&gt;Только отчет о лучших выравнивания (с точки зрения несоответствия).&lt;/span&gt;&lt;/p&gt;&lt;/body&gt;&lt;/html&gt;</translation>
    </message>
    <message>
        <location filename="../src/GenomeAlignerSettings.ui" line="191"/>
        <source>Use &quot;best&quot;-mode during the alignment</source>
        <translation>Использовать &quot;best&quot; режим в процессе выравнивания</translation>
    </message>
    <message>
        <location filename="../src/GenomeAlignerSettings.ui" line="246"/>
        <source>Use an openCL-enabled GPU during the aligning.</source>
        <translation>Использовать доступные openCL GPU в процессе выравнивания.</translation>
    </message>
    <message>
        <location filename="../src/GenomeAlignerSettings.ui" line="249"/>
        <source>Use GPU-optimization</source>
        <translation>Использовать GPU оптимизацию</translation>
    </message>
    <message>
        <location filename="../src/GenomeAlignerSettings.ui" line="275"/>
        <source>Advanced parameters</source>
        <translation>Дополнительные параметры</translation>
    </message>
    <message>
        <location filename="../src/GenomeAlignerSettings.ui" line="281"/>
        <source>Maximum memory for short reads</source>
        <translation>Максимум требуемой памяти</translation>
    </message>
    <message>
        <location filename="../src/GenomeAlignerSettings.ui" line="331"/>
        <source>Total memory usage:</source>
        <translation>Использовано памяти:</translation>
    </message>
    <message>
        <location filename="../src/GenomeAlignerSettings.ui" line="374"/>
        <source>System memory size:</source>
        <translation>Доступно памяти:</translation>
    </message>
    <message>
        <location filename="../src/GenomeAlignerSettings.ui" line="416"/>
        <source>Index parameters</source>
        <translation>Параметры для индекса</translation>
    </message>
    <message>
        <location filename="../src/GenomeAlignerSettings.ui" line="422"/>
        <source>Reference fragmentation</source>
        <translation>Разбиение референса</translation>
    </message>
    <message>
        <location filename="../src/GenomeAlignerSettings.ui" line="482"/>
        <source>Index memory usage size:</source>
        <translation>Использование памяти для индекса:</translation>
    </message>
    <message>
        <location filename="../src/GenomeAlignerSettings.ui" line="513"/>
        <source>You can choose a temporary directory for saving index files for the reference that will be built during the alignment. If you need to run this algorithm one more time with the same reference and with the same reference fragmentation parameter, you can use this prebuilt index that will be located in the temporary directory.</source>
        <translation>Вы можете задать временную папку для сохранения индексных файлов для референса, которые будут построены в процессе выравнивания. Если необходимо запустить этот алгоритм снова с той же референсной последовательностью и с тем же параметром разбиения, вы можете использовать этот индексный файл, который будет сохранен во временной папки.</translation>
    </message>
    <message>
        <location filename="../src/GenomeAlignerSettings.ui" line="545"/>
        <source>Directory for index files:</source>
        <translation>Директория для индексных файлов:</translation>
    </message>
    <message>
        <location filename="../src/GenomeAlignerSettings.ui" line="201"/>
        <location filename="../src/GenomeAlignerSettings.ui" line="227"/>
        <source>Omit reads with qualities lower than the specified value. Reads that have no qualities are not omited.</source>
        <translation>Пропустить риды с качеством ниже указанного значения. Риды, которые не имеют оценки качества не пропускаются.</translation>
    </message>
    <message>
        <location filename="../src/GenomeAlignerSettings.ui" line="289"/>
        <source>&lt;!DOCTYPE HTML PUBLIC &quot;-//W3C//DTD HTML 4.0//EN&quot; &quot;http://www.w3.org/TR/REC-html40/strict.dtd&quot;&gt;
&lt;html&gt;&lt;head&gt;&lt;meta name=&quot;qrichtext&quot; content=&quot;1&quot; /&gt;&lt;style type=&quot;text/css&quot;&gt;
p, li { white-space: pre-wrap; }
&lt;/style&gt;&lt;/head&gt;&lt;body style=&quot; font-family:&apos;MS Shell Dlg 2&apos;; font-size:8.25pt; font-weight:400; font-style:normal;&quot;&gt;
&lt;p style=&quot; margin-top:0px; margin-bottom:0px; margin-left:0px; margin-right:0px; -qt-block-indent:0; text-indent:0px;&quot;&gt;&lt;span style=&quot; font-size:8pt;&quot;&gt;Allows one to decrease the load on the computer on one side and to increase the computation speed of the task on the other side.
                 &lt;/span&gt;&lt;/p&gt;&lt;/body&gt;&lt;/html&gt;</source>
        <translation>&lt;!DOCTYPE HTML PUBLIC &quot;-//W3C//DTD HTML 4.0//EN&quot; &quot;http://www.w3.org/TR/REC-html40/strict.dtd&quot;&gt;
&lt;html&gt;&lt;head&gt;&lt;meta name=&quot;qrichtext&quot; content=&quot;1&quot; /&gt;&lt;style type=&quot;text/css&quot;&gt;
p, li { white-space: pre-wrap; }
&lt;/style&gt;&lt;/head&gt;&lt;body style=&quot; font-family:&apos;MS Shell Dlg 2&apos;; font-size:8.25pt; font-weight:400; font-style:normal;&quot;&gt;
&lt;p style=&quot; margin-top:0px; margin-bottom:0px; margin-left:0px; margin-right:0px; -qt-block-indent:0; text-indent:0px;&quot;&gt;&lt;span style=&quot; font-size:8pt;&quot;&gt;Позволяет снизить нагрузку на компьютер с одной стороны и увеличить скорость вычислений задачи с другой.
                 &lt;/span&gt;&lt;/p&gt;&lt;/body&gt;&lt;/html&gt;</translation>
    </message>
    <message>
        <location filename="../src/GenomeAlignerSettings.ui" line="430"/>
        <source>&lt;!DOCTYPE HTML PUBLIC &quot;-//W3C//DTD HTML 4.0//EN&quot; &quot;http://www.w3.org/TR/REC-html40/strict.dtd&quot;&gt;
&lt;html&gt;&lt;head&gt;&lt;meta name=&quot;qrichtext&quot; content=&quot;1&quot; /&gt;&lt;style type=&quot;text/css&quot;&gt;
p, li { white-space: pre-wrap; }
&lt;/style&gt;&lt;/head&gt;&lt;body style=&quot; font-family:&apos;MS Shell Dlg 2&apos;; font-size:8.25pt; font-weight:400; font-style:normal;&quot;&gt;
&lt;p style=&quot; margin-top:0px; margin-bottom:0px; margin-left:0px; margin-right:0px; -qt-block-indent:0; text-indent:0px;&quot;&gt;&lt;span style=&quot; font-size:8pt;&quot;&gt;This parameter influences the number of parts the
                 reference will be divided. It is better to make it bigger, but it influences the
                 amount of memory used during the alignment.&lt;/span&gt;&lt;/p&gt;&lt;/body&gt;&lt;/html&gt;</source>
        <translation>&lt;!DOCTYPE HTML PUBLIC &quot;-//W3C//DTD HTML 4.0//EN&quot; &quot;http://www.w3.org/TR/REC-html40/strict.dtd&quot;&gt;
&lt;html&gt;&lt;head&gt;&lt;meta name=&quot;qrichtext&quot; content=&quot;1&quot; /&gt;&lt;style type=&quot;text/css&quot;&gt;
p, li { white-space: pre-wrap; }
&lt;/style&gt;&lt;/head&gt;&lt;body style=&quot; font-family:&apos;MS Shell Dlg 2&apos;; font-size:8.25pt; font-weight:400; font-style:normal;&quot;&gt;
&lt;p style=&quot; margin-top:0px; margin-bottom:0px; margin-left:0px; margin-right:0px; -qt-block-indent:0; text-indent:0px;&quot;&gt;&lt;span style=&quot; font-size:8pt;&quot;&gt;Этот параметр влияет на количество частей
             на которое будет разделен референс. Лучше, когда их больше, но это существенно влияет на
             количество памяти, используемое для выравнивания.&lt;/span&gt;&lt;/p&gt;&lt;/body&gt;&lt;/html&gt;</translation>
    </message>
    <message>
        <location filename="../src/GenomeAlignerSettings.ui" line="535"/>
        <source>Specify an index to build during execution of the selected short reads aligning algorithm. If this option is selected, the value is &lt;b&gt;required&lt;/b&gt;.</source>
        <translation>Укажите индексный файл для выравнивания выбранным алгоритмом. Если опция выбрана, то значение &lt;b&gt;обязательно&lt;/b&gt;.</translation>
    </message>
    <message>
        <location filename="../src/GenomeAlignerSettings.ui" line="528"/>
        <source>...</source>
        <translation>...</translation>
    </message>
    <message>
        <location filename="../src/GenomeAlignerSettings.ui" line="151"/>
        <source>Align options</source>
        <translation>Настройки выравнивания</translation>
    </message>
    <message>
        <location filename="../src/GenomeAlignerSettings.ui" line="204"/>
        <source>Omit reads with qualities lower than</source>
        <translation>Пропустить риды с качеством менее чем</translation>
    </message>
</context>
<context>
    <name>GenomeAlignerSettingsWidget</name>
    <message>
        <location filename="../src/GenomeAlignerSettingsWidget.ui" line="14"/>
        <source>Genome aligner settings</source>
        <translation>Настройки</translation>
    </message>
</context>
<context>
    <name>QObject</name>
    <message>
        <location filename="../src/GenomeAlignerTask.cpp" line="48"/>
        <source>UGENE Genome Aligner</source>
        <translation>Модуль сборки контигов UGENE</translation>
    </message>
</context>
<context>
    <name>U2::GenomeAlignerCMDLineTask</name>
    <message>
        <location filename="../src/GenomeAlignerCMDLineTask.cpp" line="49"/>
        <source>Run genome aligner from command line</source>
        <translation>Запустить модуль сборки контигов из командной строки</translation>
    </message>
    <message>
        <location filename="../src/GenomeAlignerCMDLineTask.cpp" line="115"/>
        <source>Finished parsing genome aligner options.</source>
        <translation>Разбор опций модуля сборки контигов завершен.</translation>
    </message>
    <message>
        <location filename="../src/GenomeAlignerCMDLineTask.cpp" line="124"/>
        <source>Path to reference sequence is not set.</source>
        <translation>Путь до референсной последовательности не указан.</translation>
    </message>
    <message>
        <location filename="../src/GenomeAlignerCMDLineTask.cpp" line="130"/>
        <source>Short reads list is empty.</source>
        <translation>Список считываемых последовательностей пуст.</translation>
    </message>
    <message>
        <location filename="../src/GenomeAlignerCMDLineTask.cpp" line="134"/>
        <source>Reference (index or sequence) is not set.</source>
        <translation>Референс (индекс или последовательность) не установлен.</translation>
    </message>
    <message>
        <location filename="../src/GenomeAlignerCMDLineTask.cpp" line="175"/>
        <source>  --%1    Use this flag to only build index for reference sequence.

</source>
        <translation>  --%1    Используйте этот флаг только для построения индекса для референсной последовательности.

</translation>
    </message>
    <message>
        <location filename="../src/GenomeAlignerCMDLineTask.cpp" line="176"/>
        <source>  --%1    Path to reference genome sequence

</source>
        <translation>  --%1    Путь до референсной последовательности

</translation>
    </message>
    <message>
        <location filename="../src/GenomeAlignerCMDLineTask.cpp" line="177"/>
        <source>  --%1    Path to short-reads data in FASTA or FASTQ format

</source>
        <translation>  --%1    Путь до ридов в FASTA или FASTQ формате

</translation>
    </message>
    <message>
        <location filename="../src/GenomeAlignerCMDLineTask.cpp" line="178"/>
        <source>  --%1    Path to prebuilt index (base file name or with .idx extension). If not set, index is searched in system temporary folder. If --build-index option is applied, index will be saved to specified path.

</source>
        <translation>  --%1    Путь до индекса (только имя или с расширением .idx). Если не задан, будет произведен поиск индекса во временной папки. Если --build-index опция применена, индекс будет сохранен в указанное место.

</translation>
    </message>
    <message>
        <location filename="../src/GenomeAlignerCMDLineTask.cpp" line="179"/>
        <source>  --%1    Path to output alignment in UGENEDB or SAM format (see --%2)

</source>
        <translation>  --%1    Путь до выходного выравнивания в формате UGENEDB или SAM формате (см. --%2)

</translation>
    </message>
    <message>
        <location filename="../src/GenomeAlignerCMDLineTask.cpp" line="180"/>
        <source>  --%1    Memory size (in Mbs) reserved for short-reads. The bigger value the faster algorithm works. Default value depends on available system memory.

</source>
        <translation>  --%1    Размер памяти (в Mb) зарезервированный для коротких ридов. Большее значение обеспечит более быструю работу алгоритма. Значение по умолчанию зависит от доступной памяти.

</translation>
    </message>
    <message>
        <location filename="../src/GenomeAlignerCMDLineTask.cpp" line="181"/>
        <source>  --%1    Index fragmentation size (in Mbs). Small fragments better fit into RAM, allowing to load more short reads. Default value is 10.

</source>
        <translation>  --%1    Размер разбиения индекса (в Mb). Небольшие фрагменты лучше вписываются в оперативной памяти, позволяющие загружать больше коротких ридов. Значение по умолчанию 10.

</translation>
    </message>
    <message>
        <location filename="../src/GenomeAlignerCMDLineTask.cpp" line="182"/>
        <source>  --%1    Absolute amount of allowed mismatches per every short-read (mutually exclusive with --%2). Default value is 0.

</source>
        <translation>  --%1    Абсолютное значение разрешенных несовпадений для каждого короткого рида (взаимоисключающее --%2). Значение по умолчанию 0.

</translation>
    </message>
    <message>
        <location filename="../src/GenomeAlignerCMDLineTask.cpp" line="183"/>
        <source>  --%1    Percentage amount of allowed mismatches per every short-read (mutually exclusive with --%2). Default value is 0.

</source>
        <translation>  --%1    Значение в процентах количества разрешенный несоответствий для каждого короткого рида (взаимоисключающее --%2). Значение по умолчанию 0.

</translation>
    </message>
    <message>
        <location filename="../src/GenomeAlignerCMDLineTask.cpp" line="184"/>
        <source>  --%1    Use both the read and its reverse complement during the aligning.

</source>
        <translation>  --%1    Использовать риды и обратно комплементарные риды в процессе выравнивания.

</translation>
    </message>
    <message>
        <location filename="../src/GenomeAlignerCMDLineTask.cpp" line="185"/>
        <source>  --%1    Report only about best alignments (in terms of mismatches).

</source>
        <translation>  --%1    Включить в отчет только наилучшее выравнивание (в терминах несовпадений).

</translation>
    </message>
    <message>
        <location filename="../src/GenomeAlignerCMDLineTask.cpp" line="186"/>
        <source>  --%1    Omit reads with qualities lower than the specified value. Reads which have no qualities are not omitted. Default value is 0.

</source>
        <translation>  --%1    Пропустить риды с качеством ниже указанного значения. Риды, которые не имеют оценки качества не пропускаются. Значение по умолчанию 0.</translation>
    </message>
    <message>
        <location filename="../src/GenomeAlignerCMDLineTask.cpp" line="187"/>
        <source>  --%1    Output aligned reads in SAM format. Default value is false.

</source>
        <translation>  --%1    Выходные риды в формате SAM. Значение по умолчанию - нет.

</translation>
    </message>
</context>
<context>
    <name>U2::GenomeAlignerIndexTask</name>
    <message>
        <location filename="../src/GenomeAlignerIndexTask.cpp" line="92"/>
        <location filename="../src/GenomeAlignerIndexTask.cpp" line="138"/>
        <source>File %1 is not found. Try to create index another time.</source>
        <translation>Файл %1 не найден. Попробуйте создать индекс еще раз.</translation>
    </message>
    <message>
        <location filename="../src/GenomeAlignerIndexTask.cpp" line="184"/>
        <source>Can not init short reads loader. %1</source>
        <translation>Невозможно загрузить короткие риды. %1</translation>
    </message>
</context>
<context>
    <name>U2::GenomeAlignerPlugin</name>
    <message>
        <location filename="../src/GenomeAlignerPlugin.cpp" line="81"/>
        <source>UGENE Genome Aligner</source>
        <translation>Модуль сборки контигов UGENE</translation>
    </message>
    <message>
        <location filename="../src/GenomeAlignerPlugin.cpp" line="81"/>
        <source>Assembly DNA to reference sequence</source>
        <translation>Сборка контигов по последовательности</translation>
    </message>
    <message>
        <location filename="../src/GenomeAlignerPlugin.cpp" line="124"/>
        <source>UGENE Short Reads Aligner</source>
        <translation>Модуль сборки контигов UGENE</translation>
    </message>
    <message>
        <location filename="../src/GenomeAlignerPlugin.cpp" line="125"/>
        <source>UGENE Genome Aligner is an efficient and fast tool for short read alignment.It has 2 work modes: build index and align short reads (default mode).
If there is no index available for reference sequence it will be built on the fly.

Usage: ugene --genome-aligner { --option[=argument] }

Options
--------

%1
Examples
--------

Build index for reference sequence:
ugene --genome-aligner --build-index --reference=/path/to/ref

Align short reads using existing index:
ugene --genome-aligner --reference=/path/to/ref --short-reads=/path/to/reads --result=/path/to/result
</source>
        <translation>Модуль сборки контигов UGENE это быстрый и эффективный инструмент для выравнивания коротких ридов. Он имеет два режима работы: построение индекса и выравнивание коротких ридов (режим по умолчанию).
Если индекса для референсной последовательности нет, он будет построен в процессе.

Использование: ugene --genome-aligner { --option[=argument] }

Опции
--------

%1
Примеры
--------

Построение индекса для референсной последовательности:
ugene --genome-aligner --build-index --reference=/path/to/ref

Выравнивание ридов используя построенный индекс:
ugene --genome-aligner --reference=/path/to/ref --short-reads=/path/to/reads --result=/path/to/result</translation>
    </message>
</context>
<context>
    <name>U2::GenomeAlignerSettingsWidget</name>
    <message>
        <location filename="../src/GenomeAlignerSettingsWidget.cpp" line="114"/>
        <location filename="../src/GenomeAlignerSettingsWidget.cpp" line="174"/>
        <source>This index file is corrupted. Please, load a valid index file.</source>
        <translation>Этот индексный файл поврежден. Пожалуйста, загрузите другой индексный файл.</translation>
    </message>
    <message>
        <location filename="../src/GenomeAlignerSettingsWidget.cpp" line="166"/>
        <source>The index folder has already contain the prebuilt index. But its reference fragmentation parameter is %1 and it doesn&apos;t equal to the parameter you have chosen (%2).

Press &quot;Ok&quot; to delete this index file and create a new during the aligning.
Press &quot;Cancel&quot; to change this parameter or the index folder.</source>
        <translation>Индексная папка уже содержит индекс. Но параметр разбиения %1 и это не совпадает с параметром, который задан (%2).

Нажмите &quot;ОК&quot; чтобы удалить этот индексный файл и создать новый в процессе выравнивания.
Нажмите &quot;Отмена&quot; чтобы изменить параметр или индексную папку.</translation>
    </message>
    <message>
        <location filename="../src/GenomeAlignerSettingsWidget.cpp" line="184"/>
        <source>Set index files folder</source>
        <translation>Выбрать индексную папку</translation>
    </message>
</context>
<context>
    <name>U2::GenomeAlignerTask</name>
    <message>
        <location filename="../src/GenomeAlignerTask.cpp" line="125"/>
        <source>Genome Aligner settings</source>
        <translation>Настройки модуля сборки контигов</translation>
    </message>
    <message>
        <location filename="../src/GenomeAlignerTask.cpp" line="126"/>
        <source>Index file name: %1</source>
        <translation>Имя индексного файла: %1</translation>
    </message>
    <message>
        <location filename="../src/GenomeAlignerTask.cpp" line="127"/>
        <source>Use prebuilt index: %2</source>
        <translation>Использовать индекс: %2</translation>
    </message>
    <message>
        <location filename="../src/GenomeAlignerTask.cpp" line="203"/>
        <source>Can not init short reads loader.</source>
        <translation>Невозможно загрузить короткие риды.</translation>
    </message>
    <message>
        <location filename="../src/GenomeAlignerTask.cpp" line="346"/>
        <source>The aligning is finished.</source>
        <translation>Выравнивание завершено.</translation>
    </message>
    <message>
        <location filename="../src/GenomeAlignerTask.cpp" line="347"/>
        <source>Whole working time = %1.</source>
        <translation>Время выполнения = %1.</translation>
    </message>
    <message>
        <location filename="../src/GenomeAlignerTask.cpp" line="348"/>
        <source>%1% reads aligned.</source>
        <translation>%1% ридов было выровнено.</translation>
    </message>
    <message>
        <location filename="../src/GenomeAlignerTask.cpp" line="350"/>
        <source>Short-reads loading time = %1</source>
        <translation>Время загрузки ридов = %1</translation>
    </message>
    <message>
        <location filename="../src/GenomeAlignerTask.cpp" line="351"/>
        <source>Results writing time = %1</source>
        <translation>Время записи результатов = %1</translation>
    </message>
    <message>
        <location filename="../src/GenomeAlignerTask.cpp" line="353"/>
        <source>Index loading time = %1</source>
        <translation>Время загрузки индекса = %1</translation>
    </message>
    <message>
        <location filename="../src/GenomeAlignerTask.cpp" line="354"/>
        <source>Short-reads IO time = %1</source>
        <translation>Время IO коротких ридов = %1</translation>
    </message>
    <message>
        <location filename="../src/GenomeAlignerTask.cpp" line="358"/>
        <source>Number of reads processed: </source>
        <translation type="unfinished"></translation>
    </message>
</context>
<context>
    <name>U2::LocalWorkflow::GenomeAlignerBuildPrompter</name>
    <message>
        <location filename="../src/GenomeAlignerIndexWorker.cpp" line="147"/>
        <source>Build genome aligner index from %1 and send it url to output.</source>
        <translation>Построить индекс из %1 и отравить его путь на выход.</translation>
    </message>
</context>
<context>
    <name>U2::LocalWorkflow::GenomeAlignerBuildWorker</name>
    <message>
        <location filename="../src/GenomeAlignerIndexWorker.cpp" line="68"/>
        <source>Reference</source>
        <translation>Референсная последовательность</translation>
    </message>
    <message>
        <location filename="../src/GenomeAlignerIndexWorker.cpp" line="68"/>
        <source>Reference sequence url. The short reads will be aligned to this reference genome.</source>
        <translation>Путь до референсной последовательности. Короткие риды будут выровнены на эту референсную последовательность.</translation>
    </message>
    <message>
        <location filename="../src/GenomeAlignerIndexWorker.cpp" line="69"/>
        <source>Genome aligner index builder</source>
        <translation>Построение индекса модуля сборки контигов</translation>
    </message>
    <message>
        <location filename="../src/GenomeAlignerIndexWorker.cpp" line="69"/>
        <source>GenomeAlignerBuild builds an index from a set of DNA sequences. GenomeAlignerBuild outputs a set of 3 files with suffixes .idx, .ref, .sarr. These files together constitute the index: they are all that is needed to align reads to that reference.</source>
        <translation>GenomeAlignerBuild строит индекс из набора ДНК последовательностей. На выходе получается набор из трех файлов с расширениями .idx, .ref, .sarr. Эти файлы вместе составляют индекс: они все необходимы для выравнивания ридов на рефенсную последовательность.</translation>
    </message>
    <message>
        <location filename="../src/GenomeAlignerIndexWorker.cpp" line="70"/>
        <source>Index</source>
        <translation>Индекс</translation>
    </message>
    <message>
        <location filename="../src/GenomeAlignerIndexWorker.cpp" line="70"/>
        <source>Output index url.</source>
        <translation>Путь до индексного файла.</translation>
    </message>
    <message>
        <location filename="../src/GenomeAlignerIndexWorker.cpp" line="71"/>
        <source>Reference fragmentation</source>
        <translation>Разбиение референса</translation>
    </message>
    <message>
        <location filename="../src/GenomeAlignerIndexWorker.cpp" line="71"/>
        <source>Reference fragmentation size</source>
        <translation>Размер референсного разбиения</translation>
    </message>
    <message>
        <location filename="../src/GenomeAlignerIndexWorker.cpp" line="107"/>
        <source>Reference sequence URL is empty</source>
        <translation>Неу казан путь до референсной последовательности</translation>
    </message>
    <message>
        <location filename="../src/GenomeAlignerIndexWorker.cpp" line="111"/>
        <source>Result index URL is empty</source>
        <translation>Не указан путь до индекса</translation>
    </message>
    <message>
        <location filename="../src/GenomeAlignerIndexWorker.cpp" line="133"/>
        <source>Genome aligner index building finished. Result name is %1</source>
        <translation>Построение индекса завершено. Результирующее имя %1</translation>
    </message>
</context>
<context>
    <name>U2::LocalWorkflow::GenomeAlignerIndexReaderPrompter</name>
    <message>
        <location filename="../src/GenomeAlignerIndexWorker.cpp" line="222"/>
        <source>Read genome aligner index from %1 and send it url to output.</source>
        <translation>Построить индекс из %1 и отравить его путь на выход.</translation>
    </message>
</context>
<context>
    <name>U2::LocalWorkflow::GenomeAlignerIndexReaderWorker</name>
    <message>
        <location filename="../src/GenomeAlignerIndexWorker.cpp" line="158"/>
        <source>Genome aligner index</source>
        <translation>Индекс модуля сборки контигов</translation>
    </message>
    <message>
        <location filename="../src/GenomeAlignerIndexWorker.cpp" line="158"/>
        <source>Result of genome aligner index builder.</source>
        <translation>Результат построения индекса.</translation>
    </message>
    <message>
        <location filename="../src/GenomeAlignerIndexWorker.cpp" line="164"/>
        <source>Genome aligner index reader</source>
        <translation>Чтение индекса</translation>
    </message>
    <message>
        <location filename="../src/GenomeAlignerIndexWorker.cpp" line="164"/>
        <source>Read a set of several files with extensions .idx, .ref, .X.sarr. These files together constitute the index: they are all that is needed to align reads to that reference.</source>
        <translation>Чтение набора нескольких файлов с расширениями .idx, .ref, .X.sarr. Эти файлы вместе составляют индекс: они необходимы для выравнивания ридов на референс.</translation>
    </message>
    <message>
        <location filename="../src/GenomeAlignerIndexWorker.cpp" line="165"/>
        <source>Index</source>
        <translation>Индекс</translation>
    </message>
    <message>
        <location filename="../src/GenomeAlignerIndexWorker.cpp" line="165"/>
        <source>Select an index file with the .idx extension</source>
        <translation>Выберите индексный файл с расширением .idx</translation>
    </message>
    <message>
        <location filename="../src/GenomeAlignerIndexWorker.cpp" line="195"/>
        <source>Index URL is empty</source>
        <translation>Не указан путь до индекса</translation>
    </message>
    <message>
        <location filename="../src/GenomeAlignerIndexWorker.cpp" line="208"/>
        <source>Reading genome aligner index finished. Result name is %1</source>
        <translation>Чтение индекса завершено. Результирующее имя %1</translation>
    </message>
</context>
<context>
    <name>U2::LocalWorkflow::GenomeAlignerPrompter</name>
    <message>
        <location filename="../src/GenomeAlignerWorker.cpp" line="217"/>
        <source>unset</source>
        <translation>не указан</translation>
    </message>
    <message>
        <location filename="../src/GenomeAlignerWorker.cpp" line="220"/>
        <source>Maps input reads from &lt;u&gt;%1&lt;/u&gt; </source>
        <translation>Выровнять входные риды из &lt;u&gt;%1&lt;/u&gt; </translation>
    </message>
    <message>
        <location filename="../src/GenomeAlignerWorker.cpp" line="225"/>
        <source> to reference sequence with index &lt;u&gt;%1&lt;/u&gt;.</source>
        <translation>на референсную последовательность с индексом &lt;u&gt;%1&lt;/u&gt;.</translation>
    </message>
    <message>
        <location filename="../src/GenomeAlignerWorker.cpp" line="228"/>
        <source> to reference sequence &lt;u&gt;%1&lt;/u&gt;.</source>
        <translation>на референсную последовательность &lt;u&gt;%1&lt;/u&gt;.</translation>
    </message>
</context>
<context>
    <name>U2::LocalWorkflow::GenomeAlignerWorker</name>
    <message>
        <location filename="../src/GenomeAlignerWorker.cpp" line="344"/>
        <source>Is absolute mismatches values?</source>
        <translation>Это абсолютное число несоответствий?</translation>
    </message>
    <message>
        <location filename="../src/GenomeAlignerWorker.cpp" line="271"/>
        <source>Bowtie2 cannot recognize read pairs from the same file. Please, perform demultiplexing first.</source>
        <translation>Bowtie2 не может распознать пары ридов из того же файла. Пожалуйста, выполните демультиплексирование в первую очередь.</translation>
    </message>
    <message>
        <location filename="../src/GenomeAlignerWorker.cpp" line="246"/>
        <source>The slot must be not empty: &apos;%1&apos;</source>
        <translation>Слот не может быть пустым: &apos;%1&apos;</translation>
    </message>
    <message>
        <location filename="../src/GenomeAlignerWorker.cpp" line="284"/>
        <source>URL of a file with reads</source>
        <translation>Путь до файла с ридами</translation>
    </message>
    <message>
        <location filename="../src/GenomeAlignerWorker.cpp" line="285"/>
        <source>Input reads to be aligned.</source>
        <translation>Входные риды будут выровнены.</translation>
    </message>
    <message>
        <location filename="../src/GenomeAlignerWorker.cpp" line="287"/>
        <source>URL of a file with mate reads</source>
        <translation>Путь до файла со вспомогательными ридами</translation>
    </message>
    <message>
        <location filename="../src/GenomeAlignerWorker.cpp" line="288"/>
        <source>Input mate reads to be aligned.</source>
        <translation>Вспомогательные риды будут выровнены.</translation>
    </message>
    <message>
        <location filename="../src/GenomeAlignerWorker.cpp" line="294"/>
        <source>Genome aligner data</source>
        <translation>Данные модуля сборки контигов</translation>
    </message>
    <message>
        <location filename="../src/GenomeAlignerWorker.cpp" line="295"/>
        <source>Input reads to be aligned with Bowtie2.</source>
        <translation>Входные риды будут выровнены при помощи Bowtie2.</translation>
    </message>
    <message>
        <location filename="../src/GenomeAlignerWorker.cpp" line="302"/>
        <source>Assembly URL</source>
        <translation>Путь до сборки</translation>
    </message>
    <message>
        <location filename="../src/GenomeAlignerWorker.cpp" line="303"/>
        <source>Output assembly URL.</source>
        <translation>Выходной путь для сборки.</translation>
    </message>
    <message>
        <location filename="../src/GenomeAlignerWorker.cpp" line="306"/>
        <source>Genome aligner output data</source>
        <translation>Выходные данные модуля сборки контигов</translation>
    </message>
    <message>
        <location filename="../src/GenomeAlignerWorker.cpp" line="307"/>
        <source>Output assembly files.</source>
        <translation>Выходные файлы сборки.</translation>
    </message>
    <message>
        <location filename="../src/GenomeAlignerWorker.cpp" line="317"/>
        <source>Output folder</source>
        <translation>Выходная папка</translation>
    </message>
    <message>
        <location filename="../src/GenomeAlignerWorker.cpp" line="318"/>
        <source>Folder to save UGENE genome aligner output files.</source>
        <translation>Папка для сохранения выходных файлов модуля сборки контигов.</translation>
    </message>
    <message>
        <location filename="../src/GenomeAlignerWorker.cpp" line="321"/>
        <source>Output file name</source>
        <translation>Имя выходного файла</translation>
    </message>
    <message>
        <location filename="../src/GenomeAlignerWorker.cpp" line="322"/>
        <source>Base name of the output file. &apos;out.sam&apos; by default</source>
        <translation>Базовое имя для выходных файлов. По умолчанию &apos;out.sam&apos;</translation>
    </message>
    <message>
        <location filename="../src/GenomeAlignerWorker.cpp" line="325"/>
        <source>Reference input type</source>
        <translation>Тип референса</translation>
    </message>
    <message>
        <location filename="../src/GenomeAlignerWorker.cpp" line="326"/>
        <source>Select &quot;Sequence&quot; to input a reference genome as a sequence file. &lt;br/&gt;Note that any sequence file format, supported by UGENE, is allowed (FASTA, GenBank, etc.). &lt;br/&gt;The index will be generated automatically in this case. &lt;br/&gt;Select &quot;Index&quot; to input already generated index files, specific for the tool.</source>
        <translation>Выберите &quot;Последовательность&quot; чтобы ввести референсный геном как файл. &lt;br/&gt;Любой формат файла, который поддерживается UGENE допустим (FASTA, GenBank, и т.д.). &lt;br/&gt;Индекс будет сгенерирован автоматически. &lt;br/&gt;Выберите &quot;Индекс&quot; чтобы ввести уже готовый файл с индексом.</translation>
    </message>
    <message>
        <location filename="../src/GenomeAlignerWorker.cpp" line="332"/>
        <source>Reference genome</source>
        <translation>Референсная последовательность</translation>
    </message>
    <message>
        <location filename="../src/GenomeAlignerWorker.cpp" line="333"/>
        <source>Path to indexed reference genome.</source>
        <translation>Путь до индексированной референсной последовательности.</translation>
    </message>
    <message>
        <location filename="../src/GenomeAlignerWorker.cpp" line="336"/>
        <source>Genome Aligner index folder</source>
        <translation>Папка для индекса</translation>
    </message>
    <message>
        <location filename="../src/GenomeAlignerWorker.cpp" line="337"/>
        <source>The folder with the index for the reference sequence.</source>
        <translation>Папка с индексом для референсной последоавтельности.</translation>
    </message>
    <message>
        <location filename="../src/GenomeAlignerWorker.cpp" line="340"/>
        <source>Genome Aligner index basename</source>
        <translation>Базовое название индекса</translation>
    </message>
    <message>
        <location filename="../src/GenomeAlignerWorker.cpp" line="341"/>
        <source>The basename of the index for the reference sequence.</source>
        <translation>Базовое имя индекса для референсной последовательности.</translation>
    </message>
    <message>
        <location filename="../src/GenomeAlignerWorker.cpp" line="345"/>
        <source>&lt;html&gt;&lt;body&gt;&lt;p&gt;&lt;b&gt;true&lt;/b&gt; - absolute mismatches mode is used&lt;/p&gt;&lt;p&gt;&lt;b&gt;false&lt;/b&gt; - percentage mismatches mode is used&lt;/p&gt;                                    You can choose absolute or percentage mismatches values mode.&lt;/body&gt;&lt;/html&gt;</source>
        <translation>&lt;html&gt;&lt;body&gt;&lt;p&gt;&lt;b&gt;true&lt;/b&gt; - используется абсолютное значение несоответствий&lt;/p&gt;&lt;p&gt;&lt;b&gt;false&lt;/b&gt; - используется процентное значение несоответствий&lt;/p&gt;                                    Вы можете выбрать абсолютный или процентный режим.&lt;/body&gt;&lt;/html&gt;</translation>
    </message>
    <message>
        <location filename="../src/GenomeAlignerWorker.cpp" line="348"/>
        <source>Absolute mismatches</source>
        <translation>Абсолютное число несоответствий</translation>
    </message>
    <message>
        <location filename="../src/GenomeAlignerWorker.cpp" line="349"/>
        <source>&lt;html&gt;&lt;body&gt;Number of mismatches allowed while aligning reads.&lt;/body&gt;&lt;/html&gt;</source>
        <translation>&lt;html&gt;&lt;body&gt;Число несоответствий, допустимое при сборке контигов из считываемых последовательностей.&lt;/body&gt;&lt;/html&gt;</translation>
    </message>
    <message>
        <location filename="../src/GenomeAlignerWorker.cpp" line="351"/>
        <source>Percentage mismatches</source>
        <translation>Процентное число несоответствий</translation>
    </message>
    <message>
        <location filename="../src/GenomeAlignerWorker.cpp" line="352"/>
        <source>&lt;html&gt;&lt;body&gt;Percentage of mismatches allowed while aligning reads.&lt;/body&gt;&lt;/html&gt;</source>
        <translation>&lt;html&gt;&lt;body&gt;Процентное число несоответствий, допустимое при собрке контигов из считываемых последовательностей.&lt;/body&gt;&lt;/html&gt;</translation>
    </message>
    <message>
        <location filename="../src/GenomeAlignerWorker.cpp" line="354"/>
        <source>Align reverse complement reads</source>
        <translation>Выровнять обратно-комплементарные риды</translation>
    </message>
    <message>
        <location filename="../src/GenomeAlignerWorker.cpp" line="355"/>
        <source>&lt;html&gt;&lt;body&gt;Set this option to align both direct and reverse complement reads.&lt;/body&gt;&lt;/html&gt;</source>
        <translation>&lt;html&gt;&lt;body&gt;Выбрать эту опцию, чтобы выровнять риды и обратно комплементарные риды.&lt;/body&gt;&lt;/html&gt;</translation>
    </message>
    <message>
        <location filename="../src/GenomeAlignerWorker.cpp" line="357"/>
        <source>Use &quot;best&quot;-mode</source>
        <translation>Использовать &quot;best&quot; режим</translation>
    </message>
    <message>
        <location filename="../src/GenomeAlignerWorker.cpp" line="358"/>
        <source>&lt;html&gt;&lt;body&gt;Report only the best alignment for each read (in terms of mismatches).&lt;/body&gt;&lt;/html&gt;</source>
        <translation>&lt;html&gt;&lt;body&gt;Включить в отчет только наилучшее выравнивание (в терминах несовпадений)&lt;/body&gt;&lt;/html&gt;
</translation>
    </message>
    <message>
        <location filename="../src/GenomeAlignerWorker.cpp" line="360"/>
        <source>Omit reads with qualities lower than</source>
        <translation>Пропустить риды с качеством менее чем</translation>
    </message>
    <message>
        <location filename="../src/GenomeAlignerWorker.cpp" line="361"/>
        <source>&lt;html&gt;&lt;body&gt;Omit reads with qualities lower than the specified value. Reads that have no qualities are not omited.                                    &lt;p&gt;Set &lt;b&gt;&quot;0&quot;&lt;/b&gt; to switch off this option.&lt;/p&gt;&lt;/body&gt;&lt;/html&gt;</source>
        <translation>&lt;html&gt;&lt;body&gt;Пропустить риды с качеством ниже указанного значения. Риды, которые не имеют оценки качества не пропускаются.                                     &lt;p&gt;Установите &lt;b&gt;&quot;0&quot;&lt;/b&gt; чтобы переключить эту опцию.&lt;/p&gt;&lt;/body&gt;&lt;/html&gt;</translation>
    </message>
    <message>
        <location filename="../src/GenomeAlignerWorker.cpp" line="398"/>
        <source>Map Reads with UGENE Genome Aligner</source>
        <translation>Выравнивание с помощью модуля сборки контигов UGENE</translation>
    </message>
    <message>
        <location filename="../src/GenomeAlignerWorker.cpp" line="398"/>
        <source>Genome Aligner is a program for mapping short DNA sequence reads to a long reference sequence, developed by the UGENE team.&lt;br/&gt;&lt;br/&gt;Provide URL(s) to FASTA or FASTQ file(s) with NGS reads to the input port of the element, set up the reference sequence in the parameters. The result is saved to the specified SAM file, URL to the file is passed to the output port.</source>
        <translation>Уникальный алгоритм UGENE для сборки контигов из считываемых последовательностей по референсному геному.</translation>
    </message>
    <message>
        <location filename="../src/GenomeAlignerWorker.cpp" line="410"/>
        <source>Sequence</source>
        <translation>Последовательность</translation>
    </message>
    <message>
        <location filename="../src/GenomeAlignerWorker.cpp" line="411"/>
        <source>Index</source>
        <translation>Индекс</translation>
    </message>
    <message>
        <location filename="../src/GenomeAlignerWorker.cpp" line="368"/>
        <source>Use GPU-optimization</source>
        <translation>Использовать GPU оптимизацию</translation>
    </message>
    <message>
        <location filename="../src/GenomeAlignerWorker.cpp" line="368"/>
        <source>&lt;html&gt;&lt;body&gt;Use GPU-calculatings while aligning reads. This option requires OpenCL-enable GPU-device.&lt;/body&gt;&lt;/html&gt;</source>
        <translation>&lt;html&gt;&lt;body&gt;Использовать GPU-вычисления в процессе выравнивания. Эта опция требует наличие устройства OpenCL GPU.&lt;/body&gt;&lt;/html&gt;</translation>
    </message>
    <message>
        <location filename="../src/GenomeAlignerWorker.cpp" line="99"/>
        <source>Short reads list is empty.</source>
        <translation>Список считываемых последовательностей пуст.</translation>
    </message>
</context>
<context>
    <name>U2::ShortReadAlignerCPU</name>
    <message>
        <location filename="../src/GenomeAlignerFindTask.cpp" line="215"/>
        <source>[%1] Index size for part %2/%3 is zero, skipping it.</source>
        <translation>[%1] Размер индекса для части %2/%3 равен нулю, пропустить его.</translation>
    </message>
</context>
<context>
    <name>U2::ShortReadAlignerOpenCL</name>
    <message>
        <location filename="../src/GenomeAlignerFindTask.cpp" line="311"/>
        <source>Index size for part %1/%2 is zero, skipping it.</source>
        <translation>Размер индекса для части %1/%2 равен нулю, пропустить его.</translation>
    </message>
</context>
</TS>
