Két tényezős hitelesítés használható egy extra biztonsági szint hozzáadására a Webmin-fiókhoz, valamint a szokásos felhasználónévhez és jelszóhoz. Ha engedélyezve van, a felhasználónak külön hitelesítési jogkivonatot kell biztosítania, amely általában okostelefon-alkalmazásból, hardver OTP generátorból vagy SMS-ből származik.

Ezen az oldalon kiválaszthatja a hitelesítési szolgáltatót a rendszer Webmin felhasználói számára. Ha engedélyezve van, akkor minden felhasználó beléphet két tényezőbe a Webmin felhasználók moduljában. A rendelkezésre álló két tényezővel rendelkező szolgáltatók:

Authy
  Ez egy olyan kereskedelmi szolgáltatás, amely okostelefon-alkalmazást és weboldalt biztosít a két tényezővel rendelkező felhasználók kezelésére. Minden felhasználónak létre kell hoznia egy fiókot az Authy webhelyén, és össze kell kapcsolnia azt okostelefonjával.

Google Authenticator
  Ez egy okostelefon alkalmazás, amely végrehajtja a szokásos TOTP protokollt. Minden felhasználónak be kell szkennelnie egy QR-kódot az alkalmazás segítségével, hogy összekapcsolja tokeneit a Webmin szerverrel.