Dvojfaktorové overenie sa dá použiť na pridanie ďalšej úrovne zabezpečenia k účtu Webmin, ako aj k bežnému používateľskému menu a heslu. Ak je povolený, používateľ bude musieť poskytnúť ďalší token autentifikácie, ktorý zvyčajne pochádza z aplikácie smartfónu, hardvérového generátora OTP alebo SMS.

Táto stránka vám umožňuje vybrať poskytovateľa autentifikácie pre používateľov Webminu vo vašom systéme. Po povolení sa každý používateľ môže prihlásiť do modulu Webmin Users pre dva faktory. K dispozícii sú dvaja faktori poskytovatelia:

aUTH
  Toto je komerčná služba, ktorá poskytuje aplikáciu pre smartfóny a webovú stránku na správu dvojfaktorových používateľov. Každý užívateľ si musí vytvoriť účet na webovej stránke Authy a prepojiť ho so svojím smartfónom.

Google Authenticator
  Toto je aplikácia pre smartfóny, ktorá implementuje štandardný protokol TOTP. Každý užívateľ musí naskenovať QR kód pomocou aplikácie, aby prepojil svoje tokeny so serverom Webmin.