Dvofaktorska provjera identiteta može se koristiti za dodavanje dodatnog sloja sigurnosti Webmin računu, kao i uobičajeno korisničko ime i lozinku. Kad je omogućeno, korisnik će morati osigurati dodatni žeton za provjeru autentičnosti koji obično dolazi iz aplikacije za pametne telefone, hardvera OTP generatora ili SMS-a.

Ova vam stranica omogućuje odabir davatelja autentifikacije za korisnike Webmin-a na vašem sustavu. Nakon aktiviranja svaki se korisnik tada može prijaviti za dva faktora u modulu Webmin korisnici . Dostupni pružatelji dva faktora su:

Authy
  Ovo je komercijalna usluga koja pruža aplikaciju za pametne telefone i web mjesto za upravljanje korisnicima s dva faktora. Svaki korisnik mora stvoriti račun na web lokaciji Authy i povezati ga sa svojim pametnim telefonom.

Google Autentifikator
  Ovo je pametna aplikacija koja implementira standardni TOTP protokol. Svaki korisnik mora skenirati QR kôd pomoću aplikacije kako bi povezao svoje tokene s Webmin poslužiteljem.