Pomocí dvoufaktorové autentizace lze přidat další vrstvu zabezpečení k účtu Webmin, jakož i běžné uživatelské jméno a heslo. Pokud je tato možnost povolena, bude uživatel muset poskytnout další ověřovací token, který obvykle pochází z aplikace smartphonu, hardwarového OTP generátoru nebo SMS.

Tato stránka umožňuje vybrat poskytovatele ověřování pro uživatele Webmin ve vašem systému. Jakmile je povolen, může se každý uživatel přihlásit do modulu Webmin Users pro dva faktory. K dispozici jsou dva poskytovatelé dvou faktorů:

Authy
  Jedná se o komerční službu, která poskytuje aplikaci pro chytré telefony a web pro správu dvoufaktorových uživatelů. Každý uživatel si musí vytvořit účet na webové stránce společnosti Authy a propojit jej s chytrým telefonem.

Google Authenticator
  Toto je aplikace pro chytré telefony, která implementuje standardní protokol TOTP. Každý uživatel musí naskenovat QR kód pomocí aplikace, aby propojil své tokeny se serverem Webmin.